第1部分第2部分第3部分第4部分
叙一叙二叙三自叙卷上诸论辨正徐洄溪先生医者误人无罪论读王孟英治张养之久病伏邪医案论临症必先读书论治病当悉未病论烟痢宜通不宜塞论萝卜缨为治痢妙药论痰症随宜施治论治喉症宜分三大纲论喉症吹药论推摩法论治小儿
序序论第一果实第二（二十九条）菜蔬第三（五十八条）谷米第四（二十七条）鸟兽第五（四十条）
叙卷一·琼瑶神书天部宋徽宗皇帝崇宁五年琼瑶真人一书手法序一琼瑶真人用升阳升阴气上气下之手法讲论歌二琼瑶标本运气歌三琼瑶辨十二经水火分治法四宋徽宗崇宁皇帝论五论手足阴阳流注篇六络脉传注周流不息七琼瑶真人
重刊宋本洪氏集验方序重刊宋本洪氏集验方后叙卷第一治痢肉豆蔻散祛疟散大交泰丹混元胎丹还少丹琼玉膏一粒金丹神妙六逸丸铁瓮申先生交感丹降气汤牙药卷第二（痈疽）化毒排脓内补散神授痈疽灵方治乳痈发背，诸般疮毒灵
卷一经候门经闭痛经潮热、蒸热、寒热鼻衄带下崩漏阴肿门卷二种子门卷三胎前门恶阻胎动不安漏胎心腹胀满
自序序发凡卷一保胎论广嗣论男女辨随孕随产论坠胎论小产失调枉死论胎教胎前饮食成胎造化章孕脉论孕后便览卷二保产辑要总论难产七因酷暑严冬节录临产达生要言临产调护法产后救护法三字宝临盆七候产后便览产后忌食诸物
前言辅行诀脏腑用药法要一 辨肝脏病证文并方二 辨心脏病证文并方三 辨脾脏病证文并方四 辨肺脏病证候文并方五 辨肾脏病证文并方六 五脏泻方七 救五脏诸劳损病方八 二旦六神大小汤九 救五脏中恶卒死方附录
自序赵序辛序凡例卷之一·杂症脏腑说心包络三焦说五脏配五行八卦说水火说命门说五脏生克说五邪说十二经配三阳三阴说六气说六气后论运气说虚实寒热说补泻论反治论标本说表里论阴阳论夏月伏阴辨气气之病证脉治法血吐血
断死证秘诀秘受不治法受伤治法通用方秘传方附录 验方四则