第1部分第2部分第3部分第4部分第5部分第6部分
序总论伤寒总诀治法太阳经伤寒太阳经伤风阳明经分在经在腑阳明经经病阳明经腑病少阳经主中宜和解三阴经分传经直中太阴经传经热症太阴经直中寒症少阴经传热症少阴经直中寒症厥阴经传经热症厥阴经直中寒症结胸血结胸痞
前序卷上经候不调经漏不止经闭不行带下血分水分小便出血热入血室师尼寡妇寒热历节痛风（即白虎历节风）流注瘰乳痈乳岩血风疮疮阴疮（交接出血、阴挺、阴痒、阴虫附）附方并注卷下保胎小产保产子死腹中胎衣不出交骨不
金匮要略论注
幼科发微赋卷之一十三科预养以培其元一胎养以保其真二蓐养以防其变三回气捷法拭口时法浴儿法断脐法嗜儿法刮泡法通便法贴囟法牛黄法鞠养以防其疾四辨小儿寿夭辨小儿形色辨小儿脉息辨小儿脉证治五脏证治总论肝脏证治心
叙一叙二叙三自叙卷上诸论辨正徐洄溪先生医者误人无罪论读王孟英治张养之久病伏邪医案论临症必先读书论治病当悉未病论烟痢宜通不宜塞论萝卜缨为治痢妙药论痰症随宜施治论治喉症宜分三大纲论喉症吹药论推摩法论治小儿
第1部分第2部分第3部分
潘序黄序王序马评汤序马评吴序自序凡例重订凡例卷一痈疽总论部位论名烂溃不敛患孔毒根翻花起肛毒瓦斯攻心阴症门阴疽论阴疽治法流注甲疽井泉疽瘰小肠疽鹤膝风横乳岩贴骨疽骨槽风恶核痰核石疽善头鹅掌风鹅爪风冻疮阴疽
序凡例卷上温病总论伤寒温病辨（四则）风温上焦篇风温中焦篇风温下焦篇卷下湿温上焦篇湿温中焦篇湿温下焦篇附温病治法要略附方
徐序自序凡例卷之一提纲门中风似中风伤风中寒暑症湿症燥症火症卷之二内因门气症血症痰症饮症伤食伤酒郁症脾胃劳倦虚损痨瘵虫病卷之三外体门发热恶寒汗病疟疾斑疹黄病水肿破伤风疠风痹症痛风麻木病卷之四上窍门眩晕头