卷上太阳方总论卷下阳明方总论少阳方总论太阴方总论少阴方总论厥阴方总论六经方余论
卷上第一章·外疡总论第一节·论阴证阳证第二节·论肿第三节·论痛第四节·论痒第五节·论酸楚不痛第六节·论顽木不痛第七节·论肿疡辨脓之法第八节·论脓之色泽形质第九节·论溃疡之水第十节·论溃疡之血第十一节·
卷首集例先天图说天地人物气候相应说天地人物气候相应图释方历代医学姓氏三代以前，圣君贤相，创为医药，以济死生者也。秦汉以后，有通经博史，修身慎行，闻人巨儒，兼通乎医。医极其明者也。以医为业，世代相承者也
仁斋直指方论
万氏家传养生四要
难经经释
卷上春温时疠湿温暑燥病寒病冬温疟疾卷下女科幼科痘科痧疹外科
卷一明目赋（一）眼科论孙真人谕眼论阴阳相应辨论上古天真论眼科通明论轩辕黄帝说眼病目科四季五行发挥妙诀明目赋（二）太玄真人论眼病五轮所属太玄真人问眼病因论八廓所属八卦也论五轮受病之因论八廓受实热病之因论
《黄帝内经》简介重广补注黄帝内经素问序《黄帝内经·素问》上古天真论篇第一四气调神大论篇第二生气通天论篇第三金匮真言论篇第四阴阳应象大论篇第五阴阳离合篇第六阴阳别论篇第七灵兰秘典论篇第八六节藏象论篇第九
吴序恽序盛序程序自序凡例用药法程草部山草类人参丹参沙参元参苦参苍术白术甘草黄远志玉竹知母贝母秦艽白藓皮升麻柴胡前胡独活细辛防风羌活桔梗黄连胡黄连黄芩天麻龙胆草茅根延胡索地榆巴戟天肉苁蓉淫羊藿贯众金毛脊