自序凡例卷上寒总论肾虚人易犯伤寒论不服药为中医论两感论时行疫症伤寒十六症类伤寒六症内伤外感辨治伤寒宜早视伤寒宜详辨成氏再传之讹六经七日病愈论仲景三百九十七法一百一十三方论陶氏辨差认十六条察色法察目法察
序引卷上五轮八廓总论五轮之图五轮图式八廓之图八廓图式大赤脉传睛小赤脉传睛肉攀睛鸡冠蚬肉两睑粘睛眵泪粘浓眵泪净明蝇翅黑花目暗生花热极眵睛胞肉胶凝胞肉生疮睑生风粟天行赤眼大患后生翳暴露赤眼生翳暴风客热痛如
正文种痘要旨选苗蓄苗天时择吉调摄禁忌可种不可种水苗种法五脏传送之理旱苗种法痘衣种法痘浆种法信苗补种自出治法
叙卷一·琼瑶神书天部宋徽宗皇帝崇宁五年琼瑶真人一书手法序一琼瑶真人用升阳升阴气上气下之手法讲论歌二琼瑶标本运气歌三琼瑶辨十二经水火分治法四宋徽宗崇宁皇帝论五论手足阴阳流注篇六络脉传注周流不息七琼瑶真人
序卷一脉形状指下秘决第一（二十四种）平脉早晏法第二分别三关境界脉候所主第三辨尺寸阴阳荣卫度数第四平脉视人大小长短男女逆顺法第五持脉轻重法第六两手六脉所主五脏六腑阴阳逆顺第七辨脏腑病脉阴阳大法第八辨脉阴
周序原序卷首女科总论胎产脉候调经章不及期而经先行经过期而后行一月而经再行经行或先或后经将行腹痛经水多少经水紫淡色经闭不行石瘕肠覃崩漏章崩漏经血妄行赤白带下白浊白淫白带辨症种子章保胎辑要总论受胎保护难产
肠痈急劳走马牙疳西法化验倒视痧秽宜嚏、过饱宜吐痧症、鼠疫寒包暑热久咳、风温咳风寒二便不通神昏谵语（一）用药分量胎黄鼻衄湿温、疝气、风疹、热入血室、阳明经白虎证、天花、时气肝气为湿热所遏 痘不化浆神昏谵
伤寒医鉴论脉证论六经传受论汗下论阳厥极深论湿热发黄论不得眠论呕吐论湿热下利论霍乱论好用寒药论小儿疮疹
治法总论用药歌血头行走穴道歌左右论药中禁忌穴名药名全身门第一头面门第二身中门第三脊背门第四腿足门第五金创门第六杖伤附通用门第七跌损妙方书后谨跋
叙上卷一、太极图抄引二、太极图（图缺）三、太极图说四、不知《易》者不足以言太医论五、问三才所同者于人身何以见之六、命门图说（图缺）七、右肾水火辩九、《难经正义》三焦评附：东垣三焦论十、问诊三焦包络十一